در سراسر این نسخه علائم پایان آیه یا جداکننده‌ی آیات وجود ندارد، و این ــ چنانکه خواهم گفت ــ یکی از علائم متأخر بودن نسخه، و تعلق آن دست کم، به اواخر قرن دوم و سراسر قرن سوم است، اما تخمیس و تعشیر یعنی شمارش پنج‌تایی و ده‌تایی آیات با علامات خاصی مشخص شده است. علائم تعشیر و تخمیس با دایره‌های زراندود مشخص شده‌اند.
علامت تخمیس شبیه به نگارش حرف هاء در کتابت کوفی که مساوی عدد 5 در حساب ابجد است:

و علامت تعشیر دایره‌ای طلایی رنگ که در دایره‌ای بزرگ‌تر محاط شده و بر روی محیط دایره‌ی بزرگ‌تر 10 نقطه‌ی رنگی قرار گرفته است:

با این همه، باید اشاره کرد که علائم تخمیس و تعشیر تنها در بخش کتابت شده به خط کاتب "الف" (یعنی بدنه‌ی اصلی مصحف) دیده می‌شود، اما در بخش‌های کتابت شده به دست کاتب ب و کاتب ج، چنین علائمی وجود ندارد. بر همین اساس، با شمارش آیات هر سوره و دقت در علائم تخمیس و تعشیر، می‌توان دریافت که بسمله در این مصحف به جز در سوره‌ی فاتحه (کتابت کاتب "ب")، آیه‌ی مستقل شمرده نشده است. مثلاً علامت تخمیس در آغاز سوره‌ی جن (ص 533) در پایان آیه‌ی «علَّمَهُ شدید القُوی» قرار داده شده و این به معنای عدم محاسبه‌ی بسمله به عنوان آیه‌ی نخست است. معذلک با بررسی ظاهر نسخه و جای علائم در متن، این احتمال قوی‌تر می‌نماید که چه بسا علائم تخمیس و تعشیر همگی بعداً در میان آیات افزوده شده است.
با توضیحات بالا مشخص می‌شود که بسمله در این مصحف ــ برخلاف کهن‌ترین مصاحف قرآنی ــ آیه‌ی مستقل شمرده نشده است. به طریقی دیگر نیز می‌توان درباب جزئیت بسمله در این مصحف داوری کرد. در آغاز تمام سوره‌ها، نام سوره همراه با تعداد آیات آن ذکر شده است. در برخی نمونه‌ها، از جمله در برخی سور پایانی قرآن، شمارش آیات بدون محاسبه‌ی بسمله صورت گرفته است. مثلاً سوره‌ی جن دارای 61 آیه، قیامة دارای 39 آیه، زلزلة دارای 7 آیه، و بینة دارای 7 آیه شمرده شده است. اگر عد الآی کوفی (در مصحف قاهره یا مدینه) را در نظر داشته باشیم و بخواهیم بسمله را نیز آیه به شمار آوریم، باید سوره‌ی جن را 63 آیه، قیامة را 41 آیه، زلزلة را 9 آیه، و بینة را نیز 9 آیه بدانیم. از اینجا می‌توان دریافت که کاتب این نسخه بَسمله را جز در سوره‌ی فاتحه در شمار آیات سوره محاسبه نکرده است.
علاوه بر بسمله، گاه برخی حروف مقطعه در آغاز سوره‌ها نیز آیه‌ی مستقل محاسبه نشده است. مثلاً در سوره‌ی طه، علامت تخمیس بعد از کلمه‌ی "تحت الثری" (آیه‌ی ششم در مصحف قاهره) قرار داده شده و این نشان می‌دهد که ظاهراً کاتب، "طه" را آیه‌ی مستقل به شمار نیاورده است. همچنین است در آغاز سوره‌ی مریم، علامت تخمیس بعد از رضیاً (آیه‌ی ششم) قرار گرفته است.

مصحف از تذهیب‌های رایج خالی است. سرسوره‌ها بسیار ساده‌اند. نه میان دو سوره سطر خالی فاصل قرار داده شده است و نه از هیچ قاب مستطیلی برای مشخص کردن آغاز سوره‌ی جدید استفاده شده است. آغاز هر سوره (نام و تعداد آیات سوره) تنها با رنگ طلایی کتابت شده است (و همچنان‌که گذشت، سرسوره‌ها در بخش کتابت شده به خط کاتبِ ب و ج با رنگ قرمز نوشته شده‌اند). پس از پایان هر سوره، بلافاصله نام سوره‌ی بعدی همراه با تعداد آیات آن ذکر می‌شود. اگر سطر، بیشتر از نیمش خالی مانده باشد، در همان سطر این کار انجام می‌شود؛ اما چنانچه باقی مانده‌ی سطر برای این کار کافی نباشد، کاتب آن را خالی رها کرده، و در آغاز سطر بعدی به نام سوره و تعداد آیات آن اشاره می‌کند. تنها سه تذهیبِ گُل (یکی در ص 308؛ برگه‌ی 154پشت در سرآغاز سوره‌ی مریم، و دوتای دیگر در ص 614، برگه‌ی 307پشت، در آغاز دو سوره‌ی قارعة و تکاثر) وجود دارد.

مصاحف قدیم قرآنی بخش‌بندی‌های مختلف داشته‌اند. تقسیم‌بندی به دو پاره؛ تقسیم بندی به 30 جزء؛ و تقسیم‌بندی به هفت پاره از معروف‌ترین آنهاست. تنها تقسیمی که در مصحف حاضر صورت گرفته و مشخص شده، تقسیم هفت پاره یا هفت سُبع قرآن (جمع: أسباع) است. این علائم در 7 موضع در حاشیه‌ی مصحف با رنگ طلایی قرار گرفته است. بر این اساس، هفت سُبعِ مصحف حاضر چنین است:
1) ابتدای قرآن کریم تا پایان آیه ۶۱ سوره نساء (... یصدون عنک صدودا)؛ برگه‌ی 44پشت، ص 88.
2) از آیه ۶۲ سوره نساء تا پایان آیه ۱۷۰ سوره اعراف (... انا لا نضیع اجر المصلحین)؛ برگه‌ی 87رو، ص 175.
3) از آیه ۱۷۱ سوره اعراف تا پایان آیه ۲۵ سوره ابراهیم (... لعلهم یتذکرون)؛ برگه‌ی 131رو، ص 261.
4) از آیه ۲۶ سوره ابراهیم تا آیه ۵۵ سوره مؤمنون (... ایحسبون انما نمدهم به من مال وبنین...)؛ برگه‌ی 173رو؛ ص 349.
5) از آیه ۵۶ سوره مؤمنون تا پایان آیه ۲۰ سوره سبا (... فاتبعوه الا فریقا من المؤمنین)؛ برگه‌ی 218پشت، ص 436.
6) آیه ۲۱ سوره‌ی سبا تا آخر سوره‌ی فتح؛ برگه‌ی 261رو؛ ص 522.
از آغاز سوره‌ی حجرات تا آخر قرآن کریم؛ برگه‌ی 209رو؛ ص 617.1

زرکشي (زرکشي، محمد بن بهادر، البرهان في علوم القرآن، ج۱، ص۲۵۰) هفت قسمت قرآن را به شرح ذيل (به ترتيب) نقل کرده است:
1) حرف دال در آيه ۵۵ سوره نساء: (فمنهم من آمن به ومنهم من صد عنه)؛
2) حرف تاء در آيه ۱۴۷ سوره اعراف : (حبطت اعمالهم)؛
3) الف دوم در کلمه: «اکلها» از آيه ۳۵ سوره رعد : (مثل الجنة التي وعد المتقون تجري من تحتها الانهار اکلها دآئم)؛
4) حرف الف در: (جعلنا منسکا) حج/سوره۲۲، آيه۶۷ يا حج/سوره۲۲، آيه۳۴
5) حرف هاء در: (وما کان لمؤمن ولا مؤمنة) احزاب/سوره۳۳، آيه۳۶
6) حرف واو در: (الظانين بالله ظن السوء) فتح/سوره۴۸، آيه۶
7) تا آخر قرآن.